Kemudian ia melanjutkan sekolahnya di SMP Negeri 2 Yogyakarta.
Selanjutnya pada tahun 1946 ia masuk ke SMA B1 N, yang kelak berganti nama menjadi SMA 3 Padmanaba.
Namun kondisi perang pasca-kemerdekaan memaksanya harus keluar dari sekolah dan ikut mengangkat senjata membela tanah air.
Pada tahun 1947 saat clash pertama, ia bergabung menjadi anggota Tentara Pelajar di Kebumen.
Lalu saat clash kedua tahun 1948, ia berjuang bersama TNI di wilayah Yogyakarta Selatan.
Baca juga: Roy Suryo Bawa Nama Mahfud MD di Kasus Ijazah Palsu: Yang Memicu Pak Jokowi Sendiri
Seusai ikut berjuang, pada tahun 1949 Soenardi Prawirohatmodjo kembali ke bangku sekolah.
Kali ini ia masuk SMA De Brito, dan berhasil menamatkan studinya pada tahun 1952.
Selanjutnya ia mengambil kuliah di Fakultas Pertanian UGM yang masih menjadi satu dengan jurusan kehutanan.
Pada tahun 1959, Soenardi Prawirohatmodjo mendapatkan beasiswa dan meneruskan studinya di University of British Columbia, Canada.
Ia menamatkan studi S1-nya 2 tahun kemudian. Pada tahun 1978 gelar Ph.D. direngkuhnya dari Australian National University Canberra.
Tak lama kemudian, yaitu tepatnya pada tanggal 1 April 1983 ia mendapatkan gelar profesornya.
Tak surut di situ, Soenardi Prawirohatmodjo tercatat pernah dua kali memegang jabatan sebagai dekan di Fakultas Kehutanan.
Yang pertama pada periode 1969-1973 dan yang kedua pada tahun 1982-1988.
Pada periode kedua menjadi Dekan Fakultas Kehutanan, Soenardi Prawirohatmodjo menandatangani ijazah Jokowi.
Ketika ia resmi pensiun pada tanggal 1 April 1999, Soenardi Prawirohatmodjo masih diberi kepercayaan mengampu beberapa mata kuliah untuk mahasiswa S1 dan S2.