Ciri dari sistem pemerintahan Presidensial saat itu adalah kekuasaan yang sangat besar pada lembaga kepresidenan. Hampir seluruh kewenangan presiden yang di atur menurut UUD 1945 itu dilakukan tanpa melibatkan persetujuan ataupun pertimbangan DPR sebagai wakil rakyat. Sebab tidak adanya pengawasan dan persetujuan DPR, maka kekuasaan presiden sangat besar dan cenderung mudah disalahgunakan.

Mekipun adanya kelemahan, kekuasaan yang besar pada presiden juga terdapat dampak positifnya yaitu presiden bisa mengontrol seluruh pelaksanaan pemerintahan sehingga dapat membuat pemerintahan yang solid dan kompak serta Sistem pemerintahan lebih stabil, tidak gampang jatuh atau berganti. 

Memasuki masa Reformasi, bangsa Indonesia bertekad untuk membuat sistem pemerintahan yang demokratis. Untuk itu, harus disusun pemerintahan yang didasarkan pada konstitusi (Pemerintah konstitusional). Pemerintah konstitusional mempunyai ciri bahwa konstitusi negara itu berisi:

• Jaminan terhadap hak asasi manusia dan hak-hak warga negara.
• Adanya pembatasan kekuasaan pemerintahan atau eksekutif.

Sistem pemerintahan Indonesia Berdasarkan UUD 1945 Sesudah Diamandemen

Salah satu tuntutan Reformasi 1998 adalah dilakukannya amandemen pada UUD 1945. Latar belakang tuntutan perubahan UUD 1945 diataranya yaitu sebab pada masa Orde Baru, kekuasaan tertinggi di tangan MPR (tetapi faktanya bukan di tangan rakyat), kekuasaan yang amat besar pada Presiden, adanya pasal-pasal yang terlalu "luwes" (yang bisa memunculkan mulitafsir), serta kenyataan rumusan UUD 1945 tentang semangat penyelenggara negara yang belum cukup didukung ketetapan konstitusi.

Tujuan perubahan UUD 1945 saat itu adalah menyempurnakan aturan dasar seperti tatanan negara, HAM, kedaulatan rakyat, pembagian kekuasaan, eksistensi negara hukum dan negara demokrasi, serta hal-hal lain yang cocok dengan perkembangan aspirasi dan kebutuhan bangsa. Perubahan UUD 1945 dengan perjanjian diantaranya tidak merubah Pembukaan UUD 1945, tetap mempertahankan susunan kenegaraan (staat structur) kesatuan atau berikutnya lebih diketahui sebagai Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI), serta mempertegas sistem pemerintahan presidensil.

Sistem ketatanegaraan Indonesia setelah Amandemen UUD 1945, bisa dipaparkan sebagai berikut: Undang-Undang Dasar merupakan hukum tertinggi dimana kedaulatan berada di tangan rakyat dan dijalankan sepenuhnya berdasarkan UUD. UUD memberikan pembagian kekuasaan (separation of power) kepada 6 lembaga negara dengan kedudukan yang sama dan sejajar, yaitu Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR), Presiden, Mahkamah Agung (MA), Dewan Perwakilan Daerah (DPD), Mahkamah Konstitusi (MK), Badan Pemeriksa Keuangan (BPK), serta Dewan Perwakilan Rakyat (DPR).

Pada masa saat ini, bisa disebut sistem pemerintahan di Indonesia masih dalam masa transisi. Sebelum diberlakukannya sistem pemerintahan baru berdasarkan UUD 1945 hasil amandemen ke 4 tahun 2002, sistem pemerintahan Indonesia masih mendasarkan pada UUD 1945 dengan beberapa perubahan bersamaan dengan adanya transisi menuju sistem pemerintahan yang baru. Sistem pemerintahan yang baru ini diharapkan berjalan mulai tahun 2004 sesudah dilakukannya Pemilu di tahun 2004.

Baca juga: 50 Contoh Soal CPNS 2023 Lengkap dengan Kunci Jawaban

Pokok-pokok sistem pemerintahan Indonesia yaitu:

• Bentuk pemerintahan republik, sedangkan sistem pemerintahan presidensial.
• Bentuk negara kesatuan yang mempunyai prinsip otonomi daerah yang luas. Wilayah negara terbagi jadi beberapa provinsi.
• Kekuasaan yudikatif dijalankan oleh Makamah Agung dan badan peradilan dibawahnya.
• Presiden merupakan kepala negara yang sekalian sebagai kepala pemerintahan. Presiden dan wakil presiden dipilih secara langsung oleh rakyat dalam satu paket.
• Parlemen terdiri atas dua bagian (bikameral), Dewan Perwakilan Daerah (DPD) dan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR). Para anggota DPR dan DPD merupakan anggota MPR. DPR memiliki kekuasaan legislatif serta kekuasaan mengawasi jalannya pemerintahan.
• Kabinet / menteri diangkat oleh presiden serta bertanggung jawab langsung kepada presiden.

Sistem pemerintahan ini juga mengambil elemen-elemen dari sistem pemerintahan parlementer dan melakukan pembaharuan untuk menghilangkan kelemahan yang ada di sistem presidensial. Beberapa variasi sistem pemerintahan presidensial di Indonesia adalah sebagai berikut:

• Presiden dalam mengeluarkan kebijakan tertentu perlu pertimbangan atau persetujuan dari DPR.
• Parlemen mendapat kekuasaan yang lebih besar dalam hal membentuk undang-undang dan hak anggaran (budget)
• Presiden sewaktu-waktu bisa diberhentikan oleh MPR atas usul dari DPR. Jadi, DPR tetap mempunyai kekuasaan mengawasi presiden walaupun tidak secara langsung.
• Presiden dalam mengangkat penjabat negara perlu persetujuan dan pertimbangan DPR.

Sistem Pemerintahan Indonesia Sesudah Diamandemen

Berdasarkan Pembukaan UUD 1945 Alinea IV yang berbunyi, "bahwa kemerdekaan kebangsaan Indonesia itu disusun dalam suatu Undang-Undang Dasar Negara Indonesia yang terbentuk dalam suatu susunan negara Republik Indonesia yang berkedaulatan rakyat".

Berdasarkan Pasal 1 Ayat 1 UUD 1945, yang berbunyi, "Negara Indonesia merupakan negara kesatuan yang berbentuk republik".

Bisa disimpulkan bahwa bentuk negara Indonesia adalah Negara Kesatuan, sedangkan bentuk pemerintahannya adalah Republik. Selain bentuk pemerintahan republik dan bentuk negara kesatuan, Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan sebagai kepala negara dan sekalian kepala pemerintahan.

Hal tersebut berdasarkan pada Pasal 4 Ayat 1 yang berbunyi, "Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan pemerintahan menurut Undang Undang Dasar". Dengan begitu, sistem pemerintahan di Indonesia menganut Sistem Pemerintahan Presidensial.